Las instrucciones para centralizar su Certificado Digital están contenidos en este link.

Este es el resumen:

Iniciar sesión en el SII con tu RUT y contraseña
Ir a ENVÍO AL SII DE CERTIFICADO DIGITAL
Subir el certificado en format PFX.

¿Si sólo tengo el certificado en formato p12?

Cambia la extensión de .p12 a .pfx. Así de simple.

¿Cómo tengo una copia del certificado digital?

Si tienes el certificado instalado en un Mac, puedes exportarlo así:

Abrir el Finder e ir a Utilidades (carpeta que está en Aplicaciones ó el comando cmd+shift+u).
Abrir "Acceso a LLaveros"
Bajo "Mis Certificados" elegir el que quieres exportar y con el botón derecho presionas la opción Exportar.
Una vez exportado, vas a la carpeta y le cambias la extensión de .p12 a .pfx. Así de simple.



Ahora en el SII

Ahora vas a www.sii.cl > Servicios Online > Factura Electrónica > Conozca sobre Factura Electrónica y luego a Centralizar certificado digital.