El Formulario 29 es un impuesto mensual que deben pagar las empresas antes del 20 de cada mes.
El F29 paga los siguientes items: 

IVA Débito / Crédito
Retenciones de boletas de honorarios
Impuesto único de 2ª categoría
PPM - Pago provisional mensual
Impuestos específicos (como el de alcoholes)

El formulario lo prepara el contador y lo paga la empresa. Para pagarlo debes hacer lo siguiente: 

Entrar al SII con el usuario y contraseña de la empresa
Menú Servicios Online > Impuestos Mensuales >  Declaración mensual (F29)
Debes hacer click en la opción Declarar IVA (F29)



Se desplegara una ventana, en la cual debes ingresar el periodo a declarar, mes y año, luego haces click en "Aceptar".



A continuación se abrirá una pantalla, en la cual debes hacer click en Continuar desde declaración guardada:



Finalmente se desplegará la siguiente ventana emergente, en la cual debes hacer click en Continuar desde datos guardados:



Acá se mostrará el formulario guardado que debes validar y pagar; para hacer esto debes dirigirte al final de la página donde encontrarás un botón que dice "Enviar Declaración"




Tras de confirmar que los datos están correctos, le dará la opción de pagar con  PEL o PEC, siempre escoja PEL (Pago En Línea) seleccione su banco y luego de el pago estará disponible su Certificado Declaración de Formulario 29 Internet.



Nota: Tenga en cuenta que al momento del pago se le abrirá una pestaña emergente de su navegador, procure tenerlas activadas para el sitio del SII.

Recuerda que si no lo pagas a tiempo podrías terminar pagando intereses y multas. Sea responsable con su negocio y pague a tiempo, es bueno tener todo al día  

Revisa también este artículo ¿Cómo hacer los matches del F29?.
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