Sí, los empresarios o socios de sociedades de personas que cumplan una función en la empresa pueden asignarse un sueldo, el que recibe el nombre de Sueldo Empresarial o Sueldo Patronal. Eso si tiene algunas restricciones como por ejemplo: 

Para las EIRL, el tope de sueldo es de 80,2 UF al mes
Para las SpA, no hay tope.
Si el dueño es socio de menos de la mitad de la empresa, además puede ser contratado y recibir un sueldo adicional.

Para que el SII no lo rechace como gasto a fin de año, debe cumplir algunos requisitos básicos detallados en la documentación de la Dirección del Trabajo. Entre otras cosas, lo siguiente:

La dueña de la empresa que quiera pagarse un sueldo patronal, debe efectivamente trabajar en la empresa (que se pueda comprobar).
Si el sueldo es superior al tope mencionado anteriormente, la diferencia será rechazada por el SII.
Se deben pagar las cotizaciones correspondientes en la AFP, Isapre o Fonasa.
Y deben pagar el impuesto único todos los meses.